CRAN Package Check Results for Package SCIntRuler

Last updated on 2025-07-08 13:49:20 CEST.

Flavor Version Tinstall Tcheck Ttotal Status Flags
r-devel-linux-x86_64-debian-clang 0.99.6 57.15 470.45 527.60 OK
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc 0.99.6 38.97 344.35 383.32 OK
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang 0.99.6 789.15 ERROR
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc 0.99.6 746.81 ERROR
r-devel-windows-x86_64 0.99.6 55.00 401.00 456.00 OK
r-patched-linux-x86_64 0.99.6 50.02 457.80 507.82 OK
r-release-linux-x86_64 0.99.6 49.84 456.46 506.30 OK
r-release-macos-arm64 0.99.6 232.00 OK
r-release-macos-x86_64 0.99.6 417.00 OK
r-release-windows-x86_64 0.99.6 57.00 410.00 467.00 OK
r-oldrel-macos-arm64 0.99.6 233.00 OK
r-oldrel-macos-x86_64 0.99.6 575.00 OK
r-oldrel-windows-x86_64 0.99.6 76.00 553.00 629.00 OK

Check Details

Version: 0.99.6
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR Error(s) in re-building vignettes: --- re-building ‘SCIntRuler.Rmd’ using rmarkdown Performing log-normalization 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Calculating gene variances 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Calculating feature variances of standardized and clipped values 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| | | | 0% | |======================= | 33% | |=============================================== | 67% | |======================================================================| 100% 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Using method 'umap' 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| The magick package is required to crop "/data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/SCIntRuler.Rcheck/vign_test/SCIntRuler/vignettes/SCIntRuler_files/figure-html/UMAP -1.png" but not available. The magick package is required to crop "/data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/SCIntRuler.Rcheck/vign_test/SCIntRuler/vignettes/SCIntRuler_files/figure-html/UMAP2 -1.png" but not available. 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Using method 'umap' 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Using method 'umap' 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Quitting from SCIntRuler.Rmd:166-200 [integration] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ NULL ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'SCIntRuler.Rmd' failed with diagnostics: `grobs` must be a single grob or a list of grobs, not a list. --- failed re-building ‘SCIntRuler.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘SCIntRuler.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang

Version: 0.99.6
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR Error(s) in re-building vignettes: --- re-building ‘SCIntRuler.Rmd’ using rmarkdown Performing log-normalization 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Calculating gene variances 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Calculating feature variances of standardized and clipped values 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| | | | 0% | |======================= | 33% | |=============================================== | 67% | |======================================================================| 100% 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Using method 'umap' 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Using method 'umap' 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Using method 'umap' 0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100% [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----| **************************************************| Quitting from SCIntRuler.Rmd:166-200 [integration] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ NULL ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'SCIntRuler.Rmd' failed with diagnostics: `grobs` must be a single grob or a list of grobs, not a list. --- failed re-building ‘SCIntRuler.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘SCIntRuler.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc